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luqing6879木虫 (著名写手)
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gromas tip4p 水模型计算报错
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大家好 我正在学习gromacs，尝试用tip4p跑216个水分子的动力学计算 我用软件自带的tip4p.gro作用输入文件，然后运行 gmx pdb2gmx -f tip4p.gro 之后在交互界面中选择15 opls-aa 以及1 tip4p, 得到conf.gro以及topol.top 之后运行 gmx grompp -v -f em.mdp -c conf.gro -p topol.top -o mytest 报错说 Fatal error: number of coordinates in coordinate file (conf.gro,1080) does not match topology (topol.top,864) 我想这应该是我没有正确指定tip4p中的虚原子。请问应该怎么修改相关文件呢？ 谢谢大家。 |
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